[phylocom-user] Phylocom Error

Kellen Calinger kcalinger at gmail.com
Thu Jun 6 11:48:51 PDT 2013


Hello,

I'm attempting to use bladj in Phylocom to adjust branch lengths on my tree
with 207 species.  I constructed the tree using Phylomatic and have had no
difficulties using bladj for other trees from Phylomatic in the past.
 Every time I use the bladj command, an error dialog box pops up that says
"phylocom.exe has stopped working".  Any insight on why this might be
happening would be much appreciated!  I've included the taxa list that I
used for Phylomatic as well as the newick output below.

Thanks again,
Kellen

apocynaceae/asclepias/Asclepias_sullivantii
apocynaceae/asclepias/Asclepias_purpurascens
apocynaceae/asclepias/Asclepias_quadrifolia
asparagaceae/camassia/Camassia_scilloides
rubiaceae/cephalanthus/Cephalanthus_occidentalis
melanthiaceae/chamaelirium/Chamaelirium_luteum
asparagaceae/convallaria/Convallaria_majalis
orchidaceae/corallorhiza/Corallorhiza_wisteriana
liliaceae/erythronium/Erythronium_albidum
liliaceae/erythronium/Erythronium_americanum
orchidaceae/galearis/Galearis_spectabilis
gentianaceae/gentiana/Gentiana_alba
gentianaceae/gentiana/Gentiana_andrewsii
gentianaceae/gentianopsis/Gentianopsis_procera
asteraceae/helianthus/Helianthus_mollis
iridaceae/iris/Iris_cristata
iridaceae/iris/Iris_versicolor
liliaceae/lilium/Lilium_canadense
liliaceae/lilium/Lilium_michiganense
liliaceae/lilium/Lilium_philadelphicum
orchidaceae/liparis/Liparis_liliifolia
orchidaceae/liparis/Liparis_loeslii
asparagaceae/maianthemum/Maianthemum_stellatum
orchidaceae/malaxis/Malaxis_unifolia
liliaceae/medeola/Medeola_virginiana
saxifragaceae/mitella/Mitella_diphylla
asparagaceae/ornithogalum/Ornithogalum_umbellatum
polemoniaceae/phlox/Phlox_divaricata
polemoniaceae/phlox/Phlox_stolonifera
orchidaceae/platanthera/Platanthera_clarvellata
orchidaceae/platanthera/Platanthera_flava
orchidaceae/platanthera/Platanthera_lacera
orchidaceae/platanthera/Platanthera_orbiculata
orchidaceae/platanthera/Platanthera_peramoena
orchidaceae/platanthera/Platanthera_psycodes
orchidaceae/pogonia/Pogonia_ophioglossoides
liliaceae/prosartes/Prosartes_lanuginosa
rosaceae/prunus/Prunus_serotina
ranunculaceae/ranunculus/Ranunculus_fascicularis
sapindaceae/acer/Acer_negundo
sapindaceae/acer/Acer_rubrum
sapindaceae/acer/Acer_saccharum
sapindaceae/aesculus/Aesculus_glabra
brassicaceae/allaria/Allaria_petiolata
rosaceae/amelanchier/Amelanchier_arborea
ranunculaceae/anemone/Anemone_virginiana
asteraceae/anthemis/Anthemis_arvensis
asteraceae/anthemis/Anthemis_cotula
orchidaceae/aplectrum/Aplectrum_hymale
ranunculaceae/aquilegia/Aquilegia_canadensis
fabaceae/baptisia/Baptisia_tinctoria
brassicaceae/barbarea/Barbarea_vulgaris
asteraceae/bidens/Bidens_cernua
brassicaceae/boechera/Boechera_laevigata
orchidaceae/calopogon/Calopogon_tuberosus
ranunculaceae/caltha/Caltha_palustris
campanulaceae/campanula/Campanula_americana
brassicaceae/cardamine/Cardamine_angustata
brassicaceae/cardamine/Cardamine_bulbosa
brassicaceae/cardamine/Cardamine_concatenata
brassicaceae/cardamine/Cardamine_diphylla
brassicaceae/cardamine/Cardamine_douglassii
asteraceae/carduus/Carduus_nutans
betulaceae/carpinus/Carpinus_caroliniana
juglandaceae/carya/Carya_cordiformis
juglandaceae/carya/Carya_ovata
fagaceae/castanea/Castanea_dentata
scrophulariaceae/castilleja/Castilleja_coccinea
berberidaceae/caulophyllum/Caulophyllum_thalictroides
rhamnaceae/ceanothus/Ceanothus_americanus
celastraceae/celastrus/Celastrus_scandens
fabaceae/cercis/Cercis_canadensis
ericaceae/chimaphila/Chimaphila_maculata
ranunculaceae/clematis/Clematis_viorna
ranunculaceae/clematis/Clematis_virginiana
scrophulariaceae/collinsia/Collinsia_verna
santalaceae/comandra/Comandra_umbellata
orchidaceae/corallorhiza/Corallorhiza_maculata
cornaceae/cornus/Cornus_alternifolia
cornaceae/cornus/Cornus_ammomum
cornaceae/cornus/Cornus_florida
cornaceae/cornus/Cornus_racemosa
fabaceae/coronilla/Coronilla_varia
papaveraceae/corydalis/Corydalis_flavula
rosaceae/crataegus/Crataegus_coccinea
rosaceae/crataegus/Crataegus_mollis
rosaceae/crataegus/Crataegus_pruinosa
rosaceae/crataegus/Crataegus_punctata
amaranthaceae/cycloloma/Cycloloma_atriplicifolium
orchidaceae/cypripedium/Cypripedium_acaule
orchidaceae/cypripedium/Cypripedium_candidum
orchidaceae/cypripedium/Cypripedium_parviflorum
orchidaceae/cypripedium/Cypripedium_reginae
solanaceae/datura/Datura_stramonium
ranunculaceae/delphinium/Delphinium_tricorne
papaveraceae/dicentra/Dicentra_canadensis
papaveraceae/dicentra/Dicentra_cucullaria
primulaceae/dodecatheon/Dodecatheon_meadia
cucurbitaceae/echinocystis/Echinocystis_lobata
ranunculaceae/enemion/Enemion_biternatum
asteraceae/erigeron/Erigeron_annuus
asteraceae/erigeron/Erigeron_pulchellus
rosaceae/filipendula/Filipendula_rubra
rosaceae/fragaria/Fragaria_virginiana
rosaceae/geum/Geum_canadense
rosaceae/geum/Geum_vernum
hamamelidaceae/hamamelis/Hamamelis_virginiana
asteraceae/helianthus/Helianthus_annuus
liliaceae/hemerocallis/Hemerocallis_fulva
malvaceae/hibiscus/Hibiscus_moscheutos
caryophyllaceae/holosteum/Holosteum_umbellatum
violaceae/hybanthus/Hybanthus_concolor
ranunculaceae/hydrastis/Hydrastis_canadensis
aquifoliaceae/ilex/Ilex_verticillata
balsaminaceae/impatiens/Impatiens_capensis
balsaminaceae/impatiens/Impatiens_pallida
iridaceae/iris/Iris_pseudocornus
orchidaceae/isotria/Isotria_verticillata
berberidaceae/jeffersonia/Jeffersonia_diphylla
urticaceae/laportea/Laportea_canadensis
fabaceae/lathyrus/Lathyrus_latifolius
magnoliaceae/liriodendron/Liriodendron_tulipifera
campanulaceae/lobelia/Lobelia_inflata
caprifoliaceae/lonicera/Lonicera_japonica
caprifoliaceae/lonicera/Lonicera_morrowi
fabaceae/lotus/Lotus_corniculatus
onagraceae/ludwigia/Ludwigia_palustris
fabaceae/lupinus/Lupinus_perennis
primulaceae/lysimachia/Lysimachia_nummularia
rosaceae/malus/Malus_coronaria
rosaceae/malus/Malus_pumila
ericaceae/monotropa/Monotropa_hypopithys
ericaceae/monotropa/Monotropa_uniflora
orobanchaceae/orobanche/Orobanche_uniflora
betulaceae/ostrya/Ostrya_virginiana
oxalidaceae/oxalis/Oxalis_grandis
saxifragaceae/parnassia/Parnassia_glauca
boraginaceae/phacelia/Phacelia_purshii
rosaceae/physocarpus/Physocarpus_opulifolius
berberidaceae/podophyllum/Podophyllum_peltatum
capparaceae/polanisia/Polanisia_dodecandron
polygalaceae/polygala/Polygala_sanguinea
rosaceae/prunus/Prunus_avium
ericaceae/pyrola/Pyrola_elliptica
ericaceae/pyrola/Pyrola_rotundifolia
fagaceae/quercus/Quercus_alba
fagaceae/quercus/Quercus_rubra
fabaceae/robinia/Robinia_pseudoacacia
rosaceae/rosa/Rosa_multiflora
gentianaceae/sabatia/Sabatia_angularis
salicaceae/salix/Salix_nigra
lauraceae/sassafras/Sassafras_albidum
fabaceae/strophostyles/Strophostyles_helvola
ranunculaceae/thalictrum/Thalictrum_thalictroides
malvaceae/tilia/Tilia_americana
orchidaceae/tipularia/Tipularia_discolor
fabaceae/trifolium/Trifolium_hybridum
fabaceae/trifolium/Trifolium_pratense
ulmaceae/ulmus/Ulmus_rubra
violaceae/viola/Viola_affinis
violaceae/viola/Viola_arvensis
violaceae/viola/Viola_blanda
violaceae/viola/Viola_canadensis
violaceae/viola/Viola_conspersa
violaceae/viola/Viola_cucullata
violaceae/viola/Viola_fimbriatula
violaceae/viola/Viola_hastata
violaceae/viola/Viola_lanceolata
violaceae/viola/Viola_macloskeyi
violaceae/viola/Viola_nephrophylla
violaceae/viola/Viola_palmata
violaceae/viola/Viola_pubescencsvarpubescens
violaceae/viola/Viola_pubescencsvarscaribusa
violaceae/viola/Viola_rafinesquii
violaceae/viola/Viola_rostrata
violaceae/viola/Viola_sagittata
violaceae/viola/Viola_sororia
violaceae/viola/Viola_striata
violaceae/viola/Viola_triloba
violaceae/viola/Viola_walteri
ranunculaceae/ranunculus/Ranunculus_hispidus
ericaceae/rhododendron/Rhododendron_calendulaceum
ericaceae/rhododendron/Rhododendron_roseum
grossulariaceae/ribes/Ribes_americanum
salicaceae/salix/Salix_eriocephala
salicaceae/salix/Salix_humilis
adoxaceae/sambucus/Sambucus_pubens
papaveraceae/sanguinaria/Sanguinaria_canadensis
sarraceniaceae/sarracenia/Sarracenia_purpurea
orchidaceae/spiranthes/Spiranthes_magnicamporum
staphyleaceae/staphylea/Staphylea_trifolia
papaveraceae/stylophorum/Stylophorum_diphyllum
araceae/symplocarpus/Symplocarpus_foetidus
oleaceae/syringa/Syringa_vulgaris
asteraceae/tetraneuris/Tetraneuris_herbacea
melanthiaceae/trillium/Trillium_erectum
melanthiaceae/trillium/Trillium_flexipes
melanthiaceae/trillium/Trillium_grandiflorum
melanthiaceae/trillium/Trillium_nivale
melanthiaceae/trillium/Trillium_sessile
orchidaceae/triphora/Triphora_trianthophora
colchicaceae/uvularia/Uvularia_grandiflora
colchicaceae/uvularia/Uvularia_perfoliata
colchicaceae/uvularia/Uvularia_sessifolia
adoxaceae/viburnum/Viburnum_acerifolium
adoxaceae/viburnum/Viburnum_prunifolium
rosaceae/waldsteinia/Waldsteinia_fragarioides







(((((((((((((Asclepias_sullivantii,Asclepias_purpurascens,Asclepias_quadrifolia)asclepias,((Gentiana_alba,Gentiana_andrewsii)gentiana,Gentianopsis_procera,Sabatia_angularis)gentianaceae),Cephalanthus_occidentalis)gentianales,(((Orobanche_uniflora,(Castilleja_coccinea,Collinsia_verna)scrophulariaceae),Syringa_vulgaris),Datura_stramonium),Phacelia_purshii),((((((((Helianthus_mollis,Helianthus_annuus)helianthus,Bidens_cernua),Tetraneuris_herbacea),((Anthemis_arvensis,Anthemis_cotula)anthemis,(Erigeron_annuus,Erigeron_pulchellus)erigeron)),Carduus_nutans),(Campanula_americana,Lobelia_inflata)campanulaceae)asterales,((Sambucus_pubens,(Viburnum_acerifolium,Viburnum_prunifolium)viburnum)adoxaceae,(Lonicera_japonica,Lonicera_morrowi)lonicera)dipsacales),Ilex_verticillata)campanulids),(((Phlox_divaricata,Phlox_stolonifera)phlox,((Lysimachia_nummularia,Dodecatheon_meadia)primulaceae,(((Monotropa_hypopithys,Monotropa_uniflora)monotropa,(Pyrola_elliptica,Pyrola_rotundifolia)pyrola,(Rhododendron_calendulaceum,Rhododendron_roseum)rhododendron,Chimaphila_maculata)ericaceae,Sarracenia_purpurea))),(Impatiens_capensis,Impatiens_pallida)impatiens)ericales)ericales_to_asterales,(Cornus_alternifolia,Cornus_ammomum,Cornus_florida,Cornus_racemosa)cornus)asterids,(Cycloloma_atriplicifolium,Holosteum_umbellatum)),Comandra_umbellata),((((Mitella_diphylla,Parnassia_glauca)saxifragaceae,Ribes_americanum),Hamamelis_virginiana),(((((((((Prunus_serotina,Prunus_avium)prunus,Physocarpus_opulifolius),((Malus_coronaria,Malus_pumila)malus,(Amelanchier_arborea,(Crataegus_coccinea,Crataegus_mollis,Crataegus_pruinosa,Crataegus_punctata)crataegus))pyrinae),Rosa_multiflora,Filipendula_rubra,Fragaria_virginiana,(Geum_canadense,Geum_vernum)geum,Waldsteinia_fragarioides)rosaceae,((Ulmus_rubra,Laportea_canadensis),Ceanothus_americanus))rosales,((((Quercus_alba,Quercus_rubra)quercus,Castanea_dentata)fagaceae,((Carpinus_caroliniana,ostrya_virginiana),(Carya_cordiformis,Carya_ovata)carya)),Echinocystis_lobata)),((((Baptisia_tinctoria,Lupinus_perennis),(((Robinia_pseudoacacia,(Coronilla_varia,Lotus_corniculatus)loteae),((Trifolium_hybridum,Trifolium_pratense)trifolium,Lathyrus_latifolius)),Strophostyles_helvola)),Cercis_canadensis)fabaceae,Polygala_sanguinea)),((Oxalis_grandis,((Salix_nigra,Salix_eriocephala,Salix_humilis)salix,((Viola_affinis,Viola_arvensis,Viola_blanda,Viola_canadensis,Viola_conspersa,Viola_cucullata,Viola_fimbriatula,Viola_hastata,Viola_lanceolata,Viola_macloskeyi,Viola_nephrophylla,Viola_palmata,Viola_pubescencsvarpubescens,Viola_pubescencsvarscaribusa,Viola_rafinesquii,Viola_rostrata,Viola_sagittata,Viola_sororia,Viola_striata,Viola_triloba,Viola_walteri)viola,Hybanthus_concolor)violaceae)),Celastrus_scandens)celastrales_to_malpighiales),(((((Acer_negundo,Acer_rubrum,Acer_saccharum)acer,Aesculus_glabra)sapindaceae,(((Allaria_petiolata,Barbarea_vulgaris,Boechera_laevigata,(Cardamine_angustata,Cardamine_bulbosa,Cardamine_concatenata,Cardamine_diphylla,Cardamine_douglassii)cardamine)brassicaceae,Polanisia_dodecandron),(Tilia_americana,Hibiscus_moscheutos)malvaceae)malvales_to_brassicales),Staphylea_trifolia),Ludwigia_palustris)malvids))),((((Ranunculus_fascicularis,Ranunculus_hispidus)ranunculus,Anemone_virginiana,Aquilegia_canadensis,Caltha_palustris,Thalictrum_thalictroides,(Clematis_viorna,Clematis_virginiana)clematis,Delphinium_tricorne,Enemion_biternatum,Hydrastis_canadensis)ranunculaceae,(Podophyllum_peltatum,Caulophyllum_thalictroides,Jeffersonia_diphylla)berberidaceae),(Sanguinaria_canadensis,Stylophorum_diphyllum,Corydalis_flavula,(Dicentra_canadensis,Dicentra_cucullaria)dicentra)papaveraceae))eudicots,(((((Camassia_scilloides,Convallaria_majalis,Maianthemum_stellatum,Ornithogalum_umbellatum)asparagaceae,(Iris_cristata,Iris_versicolor,Iris_pseudocornus)iris),((Corallorhiza_wisteriana,Corallorhiza_maculata)corallorhiza,Galearis_spectabilis,(Liparis_liliifolia,Liparis_loeslii)liparis,Malaxis_unifolia,(Platanthera_clarvellata,Platanthera_flava,Platanthera_lacera,Platanthera_orbiculata,Platanthera_peramoena,Platanthera_psycodes)platanthera,Pogonia_ophioglossoides,Aplectrum_hymale,Calopogon_tuberosus,Tipularia_discolor,Spiranthes_magnicamporum,(Cypripedium_acaule,Cypripedium_candidum,Cypripedium_parviflorum,Cypripedium_reginae)cypripedium,Isotria_verticillata,Triphora_trianthophora)orchidaceae)asparagales,(((Chamaelirium_luteum,(Trillium_erectum,Trillium_flexipes,Trillium_grandiflorum,Trillium_nivale,Trillium_sessile)trillium)melanthiaceae,(Uvularia_grandiflora,Uvularia_perfoliata,Uvularia_sessifolia)uvularia),((Erythronium_albidum,Erythronium_americanum)erythronium,(Lilium_canadense,Lilium_michiganense,Lilium_philadelphicum)lilium,Medeola_virginiana,Prosartes_lanuginosa,Hemerocallis_fulva)liliaceae)),Symplocarpus_foetidus))poales_to_asterales,(Sassafras_albidum,Liriodendron_tulipifera))magnoliales_to_asterales;


-- 
Kellen Calinger
PhD Candidate
Department of Evolution, Ecology and Organismal Biology
The Ohio State University
Aronoff Laboratory
318 W. 12th Ave.
Columbus, OH 43210
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